Con la Risposta n. 44 del 18 gennaio 2021 l'Agenzia delle Entrate ha ribadito che, nel caso in cui il credito di imposta "prima casa" sia stato utilizzato solo parzialmente per il pagamento dell'imposta di registro dovuta per l'atto in cui il credito stesso è maturato, l'importo residuo potrà essere utilizzato dal contribuente in diminuzione dall'Irpef o in compensazione delle somme dovute, ma non potrà invece essere utilizzato in diminuzione delle imposte di registro, ipotecaria, catastale, e dell'imposta sulle successioni e donazioni per gli atti presentati successivamente alla data di acquisizione del credito. 
In relazione alle imposte dovute per tali atti e denunce, infatti, il credito deve essere utilizzato per l'intero importo.